دولت در تاریخ ۱ آبان لایحه بودجه را به مجلس ارائه کرد و نمایندگان پس از بررسی‌های طولانی در کمیسیون‌های تخصصی، کمیسیون تلفیق و در نهایت در صحن علنی مجلس، لایحه بودجه سال ۱۴۰۴ را مورد ارزیابی قرار دادند. این لایحه در تاریخ ۲۷ آذر به شورای نگهبان ارسال شد و در ۲۳ دی نیز ایرادات هیئت عالی نظارت مجمع تشخیص مصلحت نظام و شورای نگهبان مورد بررسی قرار گرفت. این ایرادات روند بررسی سه‌ماهه لایحه بودجه را طولانی‌تر کرد.
در پایان این فرآیند، نمایندگان با خستگی مواجه شدند و در جریان بررسی ایرادات مجمع، انتقادات تندی مطرح شد. محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی، در واکنش به این انتقادات، هیئت عالی نظارت مجمع را «تازه‌کار و بی‌تجربه» خواند. وی اظهار داشت که به هیئت عالی نظارت حق می‌دهد، زیرا در آغاز کار است و مانند شورای نگهبان تجربه کافی ندارد. قالیباف همچنین تأکید کرد که عدم انطباق و مغایرت‌ها با سیاست‌های کلی باید بر اساس یک شاخص مشخص انجام شود تا برداشت‌های نادرست ایجاد نشود.
موسی احمدی، رئیس کمیسیون انرژی مجلس، نیز در گفت‌وگو با خبرنگار همشهری بر استقلال مجلس تأکید کرد و گفت: شورای نگهبان وظیفه تطبیق مصوبات مجلس با قانون اساسی و شرع را بر عهده دارد و نظرات این شورا برای مجلس قابل احترام است. وی افزود: اما اگر هیئت عالی نظارت بخواهد جنبه قانون‌گذاری پیدا کند و متن‌هایی را به مجلس پیشنهاد دهد، این موضوع استقلال و جایگاه تقنینی مجلس را زیر سوال می‌برد.
علی‌اصغر نخعی‌راد، عضو کمیسیون تلفیق لایحه بودجه ۱۴۰۴، نیز نظر متفاوتی داشت و با پذیرش ایرادات مجمع و پیشنهادات آن، توضیح داد که هیئت عالی نظارت اعلام کرده است لایحه بودجه ۱۴۰۴ احکام لازم برای تحقق رشد ۸ درصدی را ندارد. وی افزود: نمایندگان معتقدند که این ایرادات ناشی از سوء تفاهم است، زیرا هر دو طرف به یک موضوع اشاره می‌کنند.
مجتبی یوسفی، عضو هیئت رئیسه مجلس، نیز در این خصوص گفت: شورای نگهبان برای بررسی قوانین از نظر تطابق با شرع و قانون اساسی ایجاد شده است و استقلال مجلس را زیر سوال نمی‌برد. وی تأکید کرد که برخی اوقات هیئت عالی نظارت پیشنهاداتی ارائه می‌دهد که این موضوع می‌تواند استقلال قوا را زیر سوال ببرد.
هیئت عالی نظارت در این دوره به ریاست علی لاریجانی تشکیل شد. لاریجانی که سه دوره ریاست مجلس شورای اسلامی را بر عهده داشت، پیش‌تر نیز با چنین اختلافاتی مواجه شده بود. وی در زمان ریاست مجلس دهم، در جریان اختلافات مجمع و مجلس بر سر لوایح پالرمو و سی‌آف‌تی، اعلام کرده بود که مجمع تشخیص مصلحت نظام نمی‌تواند قانون‌گذاری را بر مجلس تحمیل کند.
آیت‌الله آملی لاریجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، نیز در واکنش به انتقادات تأکید کرد که مجمع قانون‌گذار نیست و این موضوع بارها تکرار شده است. وی گفت: استفاده از تعابیر نادرست مانند شورای نگهبان دوم و مجلس سنا جای تعجب دارد.
در نهایت، قالیباف به درستی به این موضوع اشاره کرده است که عدم انطباق و مغایرت‌ها با سیاست‌های کلی باید بر اساس یک شاخص مشخص انجام شود تا از بروز سوء تفاهمات بین مجلس و مجمع در جریان بررسی طرح‌ها و لوایح جلوگیری شود.