درگیری دروازه‌بان سابق استقلال و تیم ملی در بهمن ماه سال ۱۳۹۱، تصمیمی بود که سر و صدای زیادی به پا کرد و تأثیر منفی قابل توجهی بر روند فوتبالی او گذاشت. بر اساس گزارش خبرورزشی که توسط پارسینه منتشر شده، در اواخر دی ماه همان سال، شایعاتی درباره کناره‌گیری مهدی رحمتی از تیم ملی مطرح شد. رحمتی، دروازه‌بان وقت استقلال، در مصاحبه‌ای که دوم بهمن ماه در خبرورزشی منتشر شد، این شایعات را به طور رسمی تأیید کرد.
رحمتی که پس از شکست تیم ملی مقابل ازبکستان در پاییز سال ۱۳۹۱ تحت فشار زیادی قرار گرفته بود، ناگهان تصمیم به جدایی از تیم ملی و خداحافظی گرفت. او در آن زمان اعلام کرد که به دلیل فشارهای روانی و نیاز به استراحت، تصمیم گرفته است برای مدتی از تیم ملی فاصله بگیرد. این تصمیم نه تنها هواداران استقلال، بلکه مربیان آن زمان تیم را نیز شوکه کرد.
رحمتی در ادامه گفت: «در دو ماه گذشته و پس از بازی با ازبکستان، فشار زیادی را تحمل کردم و به این نتیجه رسیدم که نیاز به استراحت و آرامش دارم. بنابراین، با عذرخواهی از همه، تصمیم گرفتم برای مدتی از تیم ملی دور باشم.» او همچنین افزود: «اگر فکر می‌کنید این تصمیم اشتباه بوده، عذرخواهی می‌کنم، اما با توجه به مشکلات پیش‌آمده، این تصمیم را گرفتم. امیدوارم شرایطی فراهم شود که بتوانم دوباره به تیم ملی بازگردم.»
در آن زمان، بسیاری تصور می‌کردند که این موضوع با یک جلسه میان کارلوس کیروش، سرمربی وقت تیم ملی، و رحمتی حل خواهد شد و نهایتاً دروازه‌بان استقلال برای چند ماه از تیم ملی دور خواهد ماند. اما کیروش از رفتار رحمتی بسیار ناراحت شد و به صراحت اعلام کرد که تا زمانی که او سرمربی تیم ملی است، مهدی رحمتی جایی در این تیم نخواهد داشت. کیروش بر این تصمیم پایدار ماند و به همین دلیل، رحمتی که اکنون وارد عرصه مربیگری شده، به دلیل تصمیمی که در دوم بهمن سال ۱۳۹۱ گرفت، از حضور در جام‌های جهانی ۲۰۱۴ و ۲۰۱۸ محروم شد.